Kijkend naar de geschiedenis van de geneeskunde komen we allerlei concepten tegen die nog steeds in de alternatieve geneeskunde regelmatig gebruikt worden. Deze concepten zijn veelal uit de reguliere geneeskunde verdwenen. Een groot aantal van deze concepten bestonden al in de voorwetenschappelijke tijd. Denk bijvoorbeeld aan het zelfhelend vermogen.

Het medisch model Nadat in de 17e eeuw de wetenschap een grote vlucht neemt, ontdekte men meer en meer over het functioneren van het lichaam. De werking van organen en orgaanstelsels begon duidelijk te worden. Het gevolg was dat men in de geneeskunde (heelkunde) de oorzaak van ziektes begon te zien als het gevolg van slecht functionerende organen en/of weefsels. Volgens dit medische model was iemand ziek als zijn lever bijvoorbeeld niet goed werkte: genees de lever en men geneest de patiënt.

In de alternatieve geneeskunde is deze splitsing (van religie en filosofie enerzijds en natuurwetenschappen anderzijds) niet ontstaan. Een groot aantal religieuze, filosofische en metafysische concepten die niet wetenschappelijk bewezen zijn (verbannen uit de reguliere geneeskunde), en soms ook heel moeilijk te bewijzen zijn, maar wel een deel van de beleving van de mens zijn geworden. Soms komen deze ideeën uit oude overleveringen. Soms betreft het juist zeer vooruitstrevende natuurkundige ideeën.

Het holistisch model Het idee dat de geest invloed heeft op het lichaam is al eeuwenoud en wint steeds meer terrein, onder andere door de laatste ontwikkelingen binnen de neuro-immunofysiologie (PNI) en pyschoneuro-endocrinologie (PNE). Daarnaast is elk mens uniek, zowel als individu als in relatie tot de omgeving. Ieder mens heeft zijn eigen lichamelijke, geestelijke en sociale kenmerken die van invloed zijn op het welzijn. De holistische visie (holos = geheel) waarop bovenstaande definitie van gezondheid is gedefinieerd, houdt rekening met psychische en sociale factoren naast de somatische (lichamelijke) in de diagnose en behandeling van ziektes.